Automatisches Update auf Alphaversion

Darf man die Themes eigentlich per FTP in einem Rutsch löschen?

Ja, klar. Oder mit WP-CLI, per SSH, Theme-Menü …

Oder bleiben dann irgendwelche (DB)Einträge übrig?

Wenn du Änderungen im Customizer vorgenommen hast, bleiben die Einträge in der Datenbank. Da es sich um einen einzelnen Eintrag handelt, dürfte das aber unerheblich sein.

Denn wie ein voriges Backup machen, wenn man nicht weiß, wann das Update kommt?

Das kostenpflichtige Updraftplus Backup Pro macht das automatisch vor jedem Update. Aber regelmäßige, nicht zu weit auseinander liegende Updates helfen auch schon.
Oder du deaktivierst automatische Updates.

WP-CLI ist das WordPress Command Line Interface, also ein Tool um WordPress über die Kommandozeile des Terminals zu benutzen, etwa wenn du dich per SSH (Secure Shell) auf dem Webserver eingeloggt hast.

im Theme-Menü gehts aber nur einzeln, oder?

Ja, genau, geht aber. 🙂

Backups mach ich bei allen Sites immer wöchentlich und bei Bedarf (zb. vor techn. Änderungen uä.)

Hört sich vernünftig an.

Ich habe mit Kunden vereinbart, dass ich regelmäßig ihre Website auf Aktualisierungen prüfe und diese dann manuell ausführe. Das lässt sich ja einstellen.

Ein Vorurteil gegen WordPress ist, dass es „so unsicher ist“ – klar, wenn man nie Updates macht … 🙈 Für solche Nutzer sind automatisierte Updates besser, als alte Plugins mit Sicherheitslücken laufen zu lassen.