Ich kann mir vorstellen, dass dies gut mit einer gesammelten Bearbeitung über die Tabelle geht. Dazu musst du deine Produkte gesammelt als Tabelle (CSV) exportieren. Dann kannst du die mit Excel recht einfach bearbeiten und mit nur wenigen Klicks bei vielen Produkten die überflüssige Variante löschen.
Wieder hochladen brauchst du nur die Artikel, die aktualisiert werden müssen. Vorher auf jeden Fall ein Backup machen.