der unterschied besteht in der domain. dein kostenlos-account ist bei wordpress.com, das herunterladbare file kommt von wordpress.org. Tatsächlih gab es wordpress.org zuerst, denn bei wordpress handelt es sich in erster linie um ein content-management-system für webserver, auf dem man blogs und webseiten betreiben kann.
wordpress.com kam später dazu und bietet dem laien die möglichkeit, mit wordpress ein blog zu betreiben, ohne sich mit der ganzen technik rumzuschlagen. die heruntergeladenen dateien kannst du getrost löschen, zum bloggen auf wordpress.com brauchst du es nicht und kannst es auch nicht verwenden. um damit etwas anfangen zu können, brauchst du platz auf einem webserver, ahnung von mysql und php um am ende eine oberfläche zu haben, die genauso aussieht wie bei wordpress.com. und der deal dort ist eindeutig besser als alle hostingangebote im web. 3gb speicher kriegst du in der regel nicht umsonst. aber diesen platz kannst du nur für den wordpress.com-blog verwenden, andere dinge kannst du dort nicht hosten, also hochladen um sie für das internet freizugeben.
hoffe das erklärt deine frage und den unterschied.