Inzwischen habe ich eine Möglichkeit gefunden, die Sache zu korrigieren – allerdings unter Einbuße einiger Funktionen.
Die fehlerhafte Anzeige auf der Startseite und bei Suchen (Kategorien, Daten) korrigierte sich von alleine bei Deaktivierung des zusätzlich installieren Shops wp-ecommerce auf den untergeordneten Seiten. Ok, ich hatte den Shop installiert und für alle Seiten aktiviert, das ist nicht unbedingt nötig.
Der rss-feed korrigierte sich bei Deaktivierung des SEO-Plugins, und nach einiger Wartezeit nach dem Deaktivieren. Letzteres ist natürlich unschön – das half doch ziemlich für die Suchmaschinen.
Die beiden plugins sind also ganz offenbar nicht wirklich multisite-fähig – oder ich habe irgendwo Hinweise übersehen, dfie erklären wie man es richtig machen muss.