Hast du ganz zufällig in der wp-config.php selber angaben für den UPLOADS ordner gemacht? Dann schau bitte das die angaben über:
/* That's all, stop editing! Happy blogging. */
/** Absolute path to the WordPress directory. */
if ( !defined('ABSPATH') )
define('ABSPATH', dirname(__FILE__) . '/');
/** Sets up WordPress vars and included files. */
require_once(ABSPATH . 'wp-settings.php');
stehen und nicht darunter.
Ich hatte in letzter Zeit ein paar Supporte die deswegen Probleme hatten.
BackWPup sollte Heute noch wieder im Verzeichnis auftauchen. Sonst kannst du dir die Version von https://github.com/inpsyde/backwpup/releases/download/3.3.1/backwpup.zip herunterladen.